PacBio Sequel v.5.1 ～もうバージョン5.1になってました、、、

装置やソフトウェア、試薬のバージョンアップは、この業界では頻繁にあることです。
今のSequelでは、装置ソフトウェアと解析ソフトウェアが同じバージョンでそろっていて、試薬やケミストリーが別のバージョン番号で管理しているのです。
ちょっとややこしいですが、試薬・ケミストリーが v.2.1で、ソフトウェアが v.5.0 という感じだったんですね。

解析ソフトウェアSMRT Link（SMRT Analysisを含む）のバージョンが、装置ソフトウェアと同じバージョンです。

そこで今回、新たなバージョンアップ！

ソフトウェアが v.5.1になり、ケミストリーが 2.1 version 2 に！
ん？ v.2.1 のさらに v.2 って・・・　と思う方もいるでしょうが、そこは気にしないでください。

装置＆ソフトウェアの v.5.1と、試薬 v.2.1（v2）を使った場合のスループットがこちら。

ロングライブラリ（35kb）を10時間読んだとき

ショートライブラリ、5kbアンプリコンを20時間で読んだとき

そう、v.5.1から、10時間ムービーと20時間ムービーが選べます。
20時間で読む場合は、LRという別のSMRT Cellを使う必要があります。
（因みにスタンダードのセルよりもLRセルの方が若干高価）

どう使い分けるのか？ですが、今のところ、

• ゲノムアセンブリのような長いインサートライブラリは10時間
• PCRアンプリコンやIso-Seqのような短いライブラリは20時間

をお勧めしています。将来的には変わるかもしれませんが、今はこのように、長いライブラリは今まで通りの10時間で読み、短いライブラリは、もちろん10時間でも良いけれど20時間で読むこともお勧め、ということです。
もちろん、20時間で読んだ方がロングライブラリでも長く読めるのでは？という疑問が出てくると思いますが、今のところ、ロングライブラリを20時間で読んでも、10時間で読んだときと平均リード長はほぼ同じ（最長リードは長いが）。というデータが出ています。
LRセルの方が高価だということを考えると、10時間でも費用対効果は良い。

ところが短いライブラリで、主にCCSを作ることを目的としたシークエンスでは、20時間は生きてくるのです。
先のデータによると、

35kbライブラリの場合、10時間で読んだとき

• データの半分以上は、30kb以上の長さのリード（ポリメラーゼリードとサブリードはほぼ同じ長さとみて良い）
• 最長リードは90kb超え
• 1セルあたりの出力塩基数は 10Gb
• 出力リード数は40万

5kbアンプリコンライブラリの場合、20時間で読んだとき

• データの半分以上は、70kb以上の長さのリード（アンプリコンサイズが5kbだから何度もインサートを繰り返し読むことのできるポリメラーゼリード、が多く出力される）
• 最長ポリメラーゼリードは180kb超え
• 1セルあたりの出力塩基数は20Gb
• 出力リード数（この場合出力CCS数と言っても良い）は40万

アプリケーションごとのSequel v5.1パフォーマンス（1 SMRT Cell あたりの出力）は以下のようになっています（v5.1 Software Upgrade and Performance Overview - Customer Training より引用）

Whole Genome Sequencing for De Novo Assembly
-Up to 10 Gb：サイズセレクション済の 40kb以上のロングライブラリの場合
-Up to ~7-10 Gb：サイズセレクション済の 15-40 kbロングライブラリの場合

Iso-Seq 完全長 cDNAシークエンス
-Up to 20 Gb
-Up to 250,000-350,000本の full-length non-chimeric (FLNC) reads

Targeted Sequencing （アンプリコンシークエンス）
-Up to 20 Gb
-Up to 300,000 CCS reads：2.5 kb アンプリコンの場合
-Up to 200,000 CCS reads：5 kb アンプリコンの場合
-P1リードのうち 40% 以上は QV 30 のCCSを作成可能：5 kb アンプリコンの場合

Structural Variation Calling （構造変異解析）
-Up to ~7.5 Gb： サイズセレクション済の 15kb ロングライブラリの場合

「Up to」と書かれていますね。これは、そういう意味です。
必ず出る保証はないけれども、うまくいけばこのくらいの塩基は読めるという。

と書いていて自分で言うのも何ですが、数字ばかり並べてもあまり説得力がないと思います。
それぞれ、研究にどれだけ使えるのかを具体的に示せなければ意味が無い。
これについては次に書く予定です。

お知らせ：
3/25-26 日本育種学会総会
3/27-28 日本細菌学会総会
にそれぞれ出展します。どちらも福岡での開催です！